De film speelt zich af rond het jaar 2199. De wereld waarin de mensen leven is eigenlijk een schijnwereld die de Matrix wordt genoemd. Deze is door computers met kunstmatige intelligentie gecreëerd. Terwijl we denken dat we een normaal leven leiden, zijn we eigenlijk alleen maar in gebruik als alternatieve energiebron voor die computers. Hoofdpersoon Thomas Anderson (gespeeld door Keanu Reeves), een computerprogrammeur die ook bekend is onder zijn hackernaam 'Neo', wordt benaderd door Morpheus (Laurence Fishburne), een rebellenleider uit de 'echte wereld'. Hij ziet Neo als 'de Uitverkorene' ('the One') en de enige persoon die de oorlog tussen de computers en de mensheid kan stoppen. Hij geeft Neo daarom de keuze om uit de Matrix te stappen naar de echte wereld.